업무사례
임대등록 말소돼도 비과세 되나요? 말소 후 5년 특례
핵심 요약
주택 수를 단순히 세어 4채여도 1세대 1주택 비과세가 가능합니다. 임대등록이 자동말소된 장기임대주택은 말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도하면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보고(소득세법 시행령 제155조 제23항), 읍·면에 있는 농어촌주택은 3년 이상 보유하면 소유주택이 아닌 것으로 봅니다(조세특례제한법 제99조의4 제1항). 비과세가 안 되더라도 수도권·광역시 밖에 있고 양도 당시 기준시가 3억원 이하인 주택은 중과 판정 주택 수에서 빠집니다. 요건이 하나만 어긋나도 세액이 크게 달라지므로 말소 사유와 등록기간 중 임대료 인상률을 먼저 확인해야 합니다.
주택 수는 어떻게 세나요?
양도소득세는 비과세를 판단할 때와 중과를 판단할 때 주택 수를 세는 방법이 다릅니다. 단순히 등기부상 몇 채인지만으로는 결론이 나지 않습니다.
아래 사례는 실제 상담 건을 바탕으로 지역과 금액을 바꿔 정리한 것입니다. 2026년 9월 기준 법령을 적용했습니다.
| 주택 | 명의 | 상황 |
|---|---|---|
| 서울 아파트 | 아내 | 14년 보유, 10년 넘게 거주. 11억원에 매도 예정 |
| 지방 오피스텔 A | 아내 | 2018년 단기임대(4년) 등록 후 자동말소 |
| 지방 오피스텔 B | 남편 | A와 같음 |
| 면 지역 단독주택 | 남편 | 2016년 부모님께 건물만 증여받음, 부모님 거주 |
세면 4주택이지만, 아래 두 특례로 서울 아파트는 1세대 1주택 비과세 대상이 됩니다.
임대등록이 자동말소된 주택도 주택 수에서 빠지나요?
빠집니다. 조건은 말소 이후 5년 안에 거주주택을 양도하는 것입니다.
장기임대주택과 그 밖의 1주택을 가진 세대가 2년 이상 거주한 주택을 팔면 1주택을 소유한 것으로 봅니다(소득세법 시행령 제155조 제20항). 원래 이 특례를 받으려면 임대주택을 5년 이상 임대해야 합니다.
그런데 4년짜리 단기임대는 2020년 8월 민간임대주택법 개정으로 유형 자체가 없어졌습니다. 임대의무기간이 끝나는 날 등록이 자동으로 말소됐고, 같은 조 제23항은 이렇게 말소된 경우 임대기간요건을 갖춘 것으로 봅니다. 흐름으로 보면 이렇습니다.
| 시점 | 내용 |
|---|---|
| 2018년 | 단기임대 등록(임대의무기간 4년) |
| 2020년 8월 | 단기임대 유형 폐지 → 의무기간 종료일에 등록 자동말소 |
| 말소 이후 | 임대기간요건을 채운 것으로 인정 |
말소 뒤에 구청 등록이 없어도, 세무서 사업자등록을 정리했어도 특례에는 영향이 없습니다(기획재정부 재산세제과-151, 2022.1.24.).
다만 면제되는 것은 말소 이후의 요건뿐입니다. 말소 전 등록기간에 임대료 5% 증액 제한을 지켰는지는 따로 확인해야 합니다(같은 조 제20항 제2호).
자동말소란? 임대사업자가 신청하지 않았는데도 법 개정으로 임대 유형이 없어져 의무기간 종료일에 등록이 말소되는 것입니다. 스스로 신청해 말소한 자진말소와는 요건이 다릅니다.
임대주택을 2호 이상 임대한 경우 5년은 가장 먼저 말소된 주택의 말소일부터 셉니다(같은 조 제23항 괄호). 부부가 1채씩 나눠 가진 경우도 1세대 기준으로 판단하므로, 말소일이 서로 다르면 먼저 말소된 날을 기준으로 잡는 것이 안전합니다.
농어촌주택은 어떤 요건이면 빠지나요?
일반주택을 먼저 보유하던 세대가 농어촌주택을 취득해 3년 이상 보유한 뒤 일반주택을 팔면, 그 농어촌주택은 소유주택이 아닌 것으로 보고 비과세를 판단합니다(조세특례제한법 제99조의4 제1항).
| 요건 | 내용 |
|---|---|
| 취득 시기 | 2003년 8월 1일 ~ 2028년 12월 31일 |
| 소재지 | 읍·면(수도권·도시지역·조정대상지역·허가구역·관광단지 등 제외) |
| 가액 | 주택과 딸린 토지의 기준시가 합계가 취득 당시 3억원 이하(한옥 4억원) |
| 보유기간 | 3년 이상 |
| 순서 | 일반주택을 먼저 보유하고 있을 것 |
증여로 받은 주택도 취득에 포함됩니다(부동산거래관리과-642, 2010.4.30.). 다만 같은 세대 안에서 증여받았다면 증여자가 처음 취득한 날을 기준으로 취득기간을 따집니다(기준-2017-법령해석재산-0222).
농어촌주택과 일반주택이 같은 읍·면·동이거나 연접한 읍·면·동에 있으면 이 특례가 적용되지 않습니다(같은 조 제3항). 대지면적 660㎡ 이내 요건은 2021년 1월 1일 이후 양도분부터 없어졌습니다.
비과세가 안 되면 다주택 중과인가요?
중과는 적용되지 않습니다. 중과를 판정할 때는 수도권·광역시·특별자치시 밖에 있고 양도 당시 기준시가 3억원 이하인 주택을 주택 수에 넣지 않기 때문입니다(소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호). 위 사례는 오피스텔 2채와 면 지역 주택이 모두 여기에 해당해, 중과 판정상 주택은 서울 아파트 한 채뿐입니다.
같은 거래를 세 경우로 나눠 계산하면 다음과 같습니다. 양도차익 5억 5,000만원(양도가액 11억원 − 취득가액·취득세 등 5억 5,000만원), 14년 보유 기준입니다.
| 구분 | 장기보유특별공제 | 과세표준 | 납부세액(지방소득세 포함) |
|---|---|---|---|
| 중과를 적용한다면 | 없음 | 5억 4,750만원 | 3억 9,408만원 |
| 일반과세 | 28% | 3억 9,350만원 | 1억 4,460만원 |
| 비과세 | — | — | 0원 |
양도가액이 12억원 이하이므로 비과세가 인정되면 전액 비과세입니다. 12억원을 넘으면 넘는 부분에 대응하는 차익만 과세됩니다(소득세법 제89조 제1항 제3호).
신고 전에 무엇을 확인하나요?
요건 대부분이 이미 지나간 사실이라 양도 시점에 바꿀 수 없습니다. 서류로 확인되지 않으면 신고서에 반영할 수 없으므로 아래를 먼저 챙깁니다.
| 확인할 것 | 서류 | 확인 이유 |
|---|---|---|
| 말소 사유와 말소일 | 렌트홈 등록말소 내역 | 자동말소여야 5년 특례가 적용됨 |
| 등록기간 중 임대료 | 그 기간의 임대차계약서 전부 | 5% 증액 제한을 지켰는지 |
| 증여 당시 세대 분리 여부 | 증여자·수증자의 주민등록초본 | 농어촌주택 취득일 판단 기준 |
| 취득 당시 소재 지역 | 토지이용계획확인서 | 도시지역·조정대상지역 등 제외 여부 |
| 지방 주택 기준시가 | 홈택스·공시가격 조회 | 중과 판정 주택 수 제외 여부 |
거주주택 특례를 적용받으려면 양도일이 속하는 과세기간의 과세표준신고서에 특례적용신고서와 관련 서류를 함께 내야 합니다(소득세법 시행령 제155조 제24항).
자주 묻는 질문
자동말소 후 5년이 지나서 팔면 어떻게 되나요?
임대기간요건을 갖춘 것으로 봐 주는 효과는 말소 이후 5년 이내 양도에만 적용됩니다(소득세법 시행령 제155조 제23항). 5년이 지나면 그 주택이 다시 주택 수에 들어가 거주주택 비과세를 받기 어려울 수 있습니다.
임대등록이 말소됐는데 세무서 사업자등록은 폐업해야 하나요?
거주주택 비과세 특례에는 영향이 없습니다. 다만 월세를 계속 받고 있다면 사업자등록 없이 주택임대업을 하는 셈이 되어 미등록 가산세가 문제 될 수 있습니다(소득세법 제81조의12).
농어촌주택을 3년 보유하기 전에 일반주택을 팔면 안 되나요?
3년 보유 요건을 채우기 전에 일반주택을 양도해도 특례를 적용받을 수 있습니다(조세특례제한법 제99조의4 제4항). 다만 그 뒤 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 않게 되면 특례로 덜 낸 세액을 납부해야 합니다(같은 조 제6항).
부부가 임대주택을 각각 1채씩 가지고 있어도 되나요?
주택 수는 1세대를 기준으로 판단하므로 명의가 나뉘어 있어도 합쳐서 봅니다. 말소일이 서로 다르면 5년은 가장 먼저 말소된 주택을 기준으로 세는 것이 안전합니다.
근거 법령
김태형 세무사 (세무회계택 대표)
서울시 마을세무사(중랑구). 개인·법인사업자 기장, 종합소득세, 양도소득세, 상속·증여세, 경정청구 등의 세무업무를 수행합니다.
2026-09-25 기준 법령으로 작성한 일반적인 세법 정보이며, 개별 사안에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 이용 안내 및 면책