장특공제에서 보유공제가 빠지나요? 연도별 공제율 비교
핵심 요약
2026년 세제개편안(정부안)은 1세대 1주택 장기보유특별공제를 거주기간 중심으로 단계적으로 개편합니다. 2027년 12월 31일까지 양도하면 현행대로 보유 연 4% + 거주 연 4%, 2028년 양도분은 보유 연 2% + 거주 연 6%, 2029년 이후 양도분은 거주 연 8%만 남고 보유기간 공제가 사라집니다. 합계 한도 80%는 그대로지만, 보유기간이 길어도 거주기간이 짧으면 공제율이 크게 떨어집니다. 아직 국회를 통과하지 않은 정부안이므로 심의 과정에서 달라질 수 있습니다.
장기보유특별공제는 어떻게 바뀌나요?
1세대 1주택은 지금 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 각각 계산해 합산합니다(소득세법 제95조 제2항). 보유 최대 40%, 거주 최대 40%로 합계 80%입니다.
정부안은 이 80%를 채우는 방법을 거주기간 쪽으로 옮깁니다. 2026년 9월 기준 정부안 내용은 다음과 같습니다.
| 양도 시점 | 보유기간 공제 | 거주기간 공제 | 공제액 한도 |
|---|---|---|---|
| 2027.12.31.까지 | 연 4%(최대 40%) | 연 4%(최대 40%) | 없음 |
| 2028년 | 연 2%(최대 20%) | 연 6%(최대 60%) | 20억원 |
| 2029년 이후 | 없어짐 | 연 8%(최대 80%) | 10억원 |
합계 상한 80%는 유지됩니다. 달라지는 것은 그 80%를 거주기간만으로 채워야 한다는 점입니다. 주택에 대한 공제는 이름도 「장기거주 소득공제」로 바뀌고, 공제액 자체에 인별 연간 한도와 양도 물건별 한도가 새로 붙습니다. 두 한도는 각각 적용됩니다.
이 내용은 정부가 국회에 제출한 개정안 기준이며, 국회 심의에서 달라질 수 있습니다.
장기보유특별공제란? 오래 보유한 부동산을 팔 때 양도차익에서 일정 비율을 빼 주는 공제입니다. 1세대 1주택 우대 공제율은 3년 이상 보유하고 보유기간 중 2년 이상 거주해야 적용됩니다(소득세법 시행령 제159조의4).
파는 해에 따라 세금이 얼마나 달라지나요?
양도가액 25억원, 취득가액 10억원인 아파트를 15년 보유하고 2년 거주한 경우로 계산해 보겠습니다. 필요경비는 0원으로 가정했습니다. 1세대 1주택은 양도가액 중 12억원을 넘는 부분에 대응하는 차익만 과세하므로(소득세법 제95조 제3항) 과세대상 양도차익은 7억 8,000만원입니다.
| 양도 시점 | 공제율 | 공제액 | 산출세액 |
|---|---|---|---|
| 2027년 | 48%(보유 40 + 거주 8) | 3억 7,440만원 | 1억 3,530만원 |
| 2028년 | 32%(보유 20 + 거주 12) | 2억 4,960만원 | 1억 8,578만원 |
| 2029년 | 16%(거주 16) | 1억 2,480만원 | 2억 3,819만원 |
같은 집, 같은 양도차익인데 2027년과 2029년의 세액 차이가 1억원을 넘습니다. 15년이라는 보유기간이 2029년 공제율에는 한 해도 반영되지 않기 때문입니다. 지방소득세와 조세특례제한법상 감면은 표에 넣지 않았습니다.
거주기간이 짧으면 얼마나 불리한가요?
같은 아파트를 2029년에 양도한다고 두고 거주기간만 바꿔 보면 차이가 더 뚜렷합니다.
| 거주기간 | 공제율 | 공제액 | 산출세액 |
|---|---|---|---|
| 2년 | 16% | 1억 2,480만원 | 2억 3,819만원 |
| 5년 | 40% | 3억 1,200만원 | 1억 6,026만원 |
| 10년 | 80% | 6억 2,400만원 | 3,041만원 |
보유기간이 같아도 거주기간만으로 세액이 약 7.8배 벌어집니다.
거주 10년 구간이 유독 낮은 데는 기본공제도 함께 작용합니다. 현행 양도소득 기본공제는 소득별로 연 250만원인데(소득세법 제103조 제1항), 정부안은 10년 이상 거주한 양도가액 30억원 이하 1세대 1주택에 한해 연 2,500만원으로 올리고 2027년 1월 1일 이후 양도분부터 적용하도록 하고 있습니다. 위 표에서 거주 10년만 2,500만원을, 나머지는 250만원을 적용했습니다.
언제 파는 것이 유리한가요?
거주기간이 얼마나 쌓였는지에 따라 갈립니다.
거주 10년을 채웠다면 어느 해에 양도해도 공제율은 80%이므로 서두를 이유가 없습니다. 반대로 전세를 주고 보유만 해 왔다면 현행 공제율이 적용되는 마지막 구간은 2027년 12월 31일까지의 양도분입니다.
거주기간이 2년에 못 미치면 지금도 우대 공제표를 적용받지 못합니다(소득세법 시행령 제159조의4). 정부안 역시 3년 이상 보유·2년 이상 거주라는 기본요건은 그대로 두고 있습니다.
다만 앞당겨 파는 쪽이 항상 유리하다고 단정하기는 어렵습니다. 시세, 대체 주택 취득 시점, 다른 세목까지 함께 따져야 결론이 납니다.
거주요건을 면제해 주는 상생임대주택 특례도 같이 확인할 부분입니다. 현행 규정에는 양도기한이 없지만, 정부안은 2026년 12월 31일 이전에 상생임대차계약이 종료된 경우 2027년 12월 31일까지 양도해야 특례를 적용하는 기한을 새로 두고 있습니다. 이 부분은 시행령 개정 사항이어서 국회 의결 없이 2026년 10월 1일 이후 양도분부터 적용될 예정입니다.
자주 묻는 질문
2027년에 팔면 지금과 같은 공제율인가요?
정부안대로 통과되면 그렇습니다. 개편 내용은 2028년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용하도록 되어 있습니다. 다만 시행시기 자체가 국회 심의에서 조정될 수 있습니다.
2년 거주요건도 함께 없어지나요?
유지됩니다. 정부안도 3년 이상 보유와 2년 이상 거주를 기본요건으로 두고 있습니다. 여기에 취학, 근무상 형편, 1년 이상 치료가 필요한 질병 등 부득이한 사유로 다른 시·군으로 주거를 옮긴 기간을 최장 3년까지 거주기간으로 인정하는 규정이 새로 들어갑니다. 이 인정은 공제율을 계산할 때만 쓰이고, 비과세를 받기 위한 2년 거주요건에는 적용되지 않습니다.
이 내용은 확정된 것인가요?
아닙니다. 정부가 국회에 제출한 개정안이며, 상임위원회 심사와 본회의 의결을 거쳐야 법이 됩니다. 공제율과 시행시기가 조정될 수 있습니다.
다주택자도 똑같이 바뀌나요?
다주택자 공제 방식을 조정하는 내용도 정부안에 함께 들어 있지만 공제율과 한도가 1세대 1주택과 다릅니다. 이 글은 1세대 1주택을 기준으로 정리한 것입니다.
근거 법령
김태형 세무사 (세무회계택 대표)
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2026-09-24 기준 법령으로 작성한 일반적인 세법 정보이며, 개별 사안에 따라 결론이 달라질 수 있습니다. 이용 안내 및 면책